बाजार की फसल में रोग लगते है जैसे की बाजार का अर्गट, बाजार का कण्डुआ अवम बाजरा की हरित बाली रोग हैI इनके नियंत्रण के लिए बीज शोधन करके बुवाई करनी चाहिए एक ही खेत में लगातार बाजरा की फसल नहीं लेनी चाहिएI रोग ग्रस्त पौधों को अवम बालियों को निकाल देना चाहिए इसके साथ ही मैन्कोजेब या जिनेब 75 प्रतिशत या जीरम 80 प्रतिशत धुलानशील चूर्ण 2 किलोग्राम प्रति हेक्टेयर के हिसाब से प्रयोग करना चाहिएI
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